Lors d'une réunion d'avant projet Lync vendredi de la semaine dernière, cette question était justement abordé, est-ce que l'on peut utiliser SQL Server 2008 R2?
Conformément aux environnements base de donnée supporté par Microsoft (pour rappel: http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg398990.aspx), la réponse fut non, cela ne sera plus le cas maintenant.
Cela devrait apparaitre très prochainement dans l'ensemble des ressources techniques publiés par Microsoft.