Microsoft a annoncé le support des périphériques mobiles iOS 9.3 par Microsoft Intune et System Center Configuration Manager. Ce support a été fait dès la mise à disposition de cette nouvelle version. Toutes les fonctionnalités existantes qui ciblaient iOS 9 et inférieures sont supportées. Parmi les nouveautés annoncées, on retrouve les fonctionnalités Education. Micorosft travaille activement pour supporter ces fonctionnalités.