Voici 2 petites lignes PowerShell permettant de désactiver l'ouverture automatique de Server Manager au démarrage :
$serverManagerKey = "HKLM:\SOFTWARE\Microsoft\ServerManager"
Set-ItemProperty -Path $serverManagerKey -Name "DoNotOpenServerManagerAtLogon" -Value 1
Ceci a été testé sous Windows Server 2012 et Windows Server 2012 R2.